mikutter 3.2から必要らしいので、なんか色々頑張った結果こうなった。
sudo gem install nokogiri -- --use-system-libraries --with-xml2-include=/usr/include/libxml2 --with-xml2-lib=/usr/lib/
私の場合はnokogiriをインストール中に走るlibxml2のコンパイルが、32bitライブラリがないだとかでコケるというもの。あれやこれや試したけれど結局は上記の一行で解決。--with-xml2-includeと--with-xml2-libの指定がみそっぽい。/opt以下だと思っていた。前々からダメだった会社Macも今試したらこれでイケたので、MacPortsの人はこれでよさげ。
(2015-12-02追記)OS X 10.10.5 + nokogiri 1.6.7もバッチリでした。